Holtzbeckers wohl berühmteste Schöpfung ist der so genannte „Gottorfer Codex“, den er für Herzog Friedrich III. von Schleswig-Holstein-Gottorf in der Zeit von 1649 bis 1659 schuf. Der vierbändige Pflanzenatlas zählt mit Recht zu den prächtigsten Florilegien dieser Zeit. Darin sind sowohl einheimische als exotische Pflanzen abgebildet, die im so genannten „Neuwerkgarten“ des Gottorfer Schlosses zu finden waren. Vor allem war es dem Herzog daran gelegen, damals noch relativ neu bei uns eingeführte und entsprechend prestigeträchtige Pflanzen malen zu lassen, wie etwa unterschiedliche Arten von Hyazinthen, Narzissen und Tulpen, aber auch Aloen und verschiedene Zitrusgewächse. In einem nordeuropäischen Garten waren solche Gewächse im 17. Jahrhundert eine wahre Sensation! Die Pflanzenzeichnungen des Hans Simon Holtzbecker zeichnen sich durch eine große naturwissenschaftliche Akkuratesse und fast fotografische Genauigkeit aus und unterscheiden sich damit deutlich von den durch eine eher symbolhaft-religiöse Weltsicht geprägten Pflanzendarstellungen des Mittelalters. Durch die Kriegswirren des Großen Nordischen Krieges gelangte der Gottorfer Codex nach Kopenhagen und kann dort heute in der der Königlichen Grafiksammlung des Statens Museum for Kunst bewundert werden.
Für den Hamburger Senator Caspar Anckelmann malte er ein Florilegium, das die Pflanzen des Hamburger Lustgartens zeigte, der mit seinen quadratischen Blumenparterres, Skulpturen und Obelisken, Spalieren mit Wein und Rosen seinerzeit berühmter war als so manch anderer fürstlicher Garten. Für den Hamburger Bürgermeister Barthold Moller fertigte er schließlich das heute als Moller-Florilegium bekannte Werk. Von dem ursprünglich fünfbändigen Werk tauchte 1999 ein verschollen geglaubter Band mit 207 Darstellungen von Zwiebelpflanzen in Wasser- und Deckfarben auf. Ein Blick auf die Holtzbeckerschen Zeichnungen der schönsten Zierpflanzen des Frühlings zeigt, dass der Garten des Hamburger Stadtoberhauptes mit den erlesensten und teuersten Züchtungen der damaligen Zeit aufwarten konnte. Die herausragende Qualität der Darstellungen macht deutlich, dass der Hamburger Maler weitreichende botanische Kenntnisse besessen haben muss. Dennoch gerieten er und sein Werk über Jahrhunderte in Vergessenheit und seine Zeichnungen wurden lange Zeit der berühmten Malerin Maria Sibylla Merian zugeschrieben. Wer sich heute in die Bilder des Hans Simon Holtzbecker vertieft, kann sich kaum von diesem spannenden Einblick in die Gartenkultur des Adels und des Hamburger Bürgertums in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts losreißen!